La laguna de Bacalar alberga uno de los sistemas de estromatolitos de agua dulce más extensos del mundo.

Junto con los manglares, conforman ecosistemas que actúan como biofiltros naturales, contribuyendo tanto a la belleza estética como a la salud del agua.

Son estructuras biológicas, que albergan en promedio 8,000 a 10,000 especies de bacterias positivas vivas, haciendo a los estromatolitos - cianobacterias, bacterias del azufre, bacterias que fijan nitrogeno, y muchas más-. Hacen fotosíntesis liberando oxígeno y capturando dióxido de carbono y cumplen una función muy parecida a la de los corales para los mares. Son todo un mundo de biodiversidad que es muy importante  salvaguardar para Bacalar y para toda la humanidad.